Investigadores CBIB participan en proyecto internacional para generar un mapa metagenómico mundial

Hasta ahora el proyecto MetaSUB ha tomado más de 3.300 muestras en los metros del mundo.

Por tercer año consecutivo el Center for Bioinformatics and Integrative Biology (CBIB) a través del laboratorio de genómica liderado por el Dr. Eduardo Castro, participó en el MetaSUB, proyecto impulsado por el Consorcio Internacional Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes.

Este proyecto busca, a grandes rasgos, crear un perfil molecular del transporte público (especialmente el metro) de las ciudades de todo el mundo.

Voluntaria tomando muestras

Voluntaria tomando muestras

Fernanda Arredondo, investigadora del laboratorio de genómica del CBIB, explica que el objetivo es crear un perfil metagenómico para cada ciudad “cuyos datos también pueden orientar una mejor toma de decisiones por parte de las autoridades de salud pública, a la planificación territorial de la ciudad, y al diseño arquitectónico de ésta”.

Para esto, se recogen muestras de las diversas estaciones, boleterías y andenes de metros en las ciudades del mundo que participan en MetaSUB

¿Por qué metagenómica?

Porque menos del 1% de los microorganismos conocidos hasta hoy son cultivables, y a través de la Metagenómica (que básicamente es el estudio del material genético) se pueden identificar nuevas especies de microorganismos en las muestras tomadas. “Y también mapear globalmente marcadores de resistencia a los antibióticos, uno de los más grandes problemas de salud pública global”, detalla la investigadora.
Este año la toma de muestras se realizó el viernes 29 de junio y participaron, en su mayoría, alumnos de biotecnología, bioinformática, biología y veterinaria de la Universidad Andrés Bello.
En Chile, el proyecto es liderado por el Dr. Juan Ugalde, director de Bioinformática de la compañía Ubiome, y Fernanda Arredondo, quien coordina y supervisa la toma de muestras.

¿Cómo se toman las muestras?
El procedimiento es sencillo; se frota una tórula (una especie de cotonito gigante) por 1 minuto y medio sobre la superficie de la cual se quiere extraer la muestra, la que posteriormente es almacenada en un tubo que contiene una solución que conserva la muestra.

Después, las muestras son enviadas al laboratorio para ser analizadas con herramientas bioinformáticas.
Las muestras se recogen en cada uno de los accesos al metro y algunos lugares concurridos cercanos a las estaciones como Plaza Italia, el puente Pío Nono y las afueras del hospital Sótero del Río, entre otros.

Voluntario tomando muestras

“Para el próximo año esperamos obtener el permiso de Metro de Santiago, para poder tomar muestras dentro de sus instalaciones”, dice Fernanda Arredondo.
Las muestras son enviadas a secuenciar a Estados Unidos, y los datos obtenidos serán procesados por un equipo de bioinformáticos en Chile.
”El año pasado enviamos cerca de 360 muestras a secuenciar, por lo que los resultados demoran mucho en llegar. Hay que considerar que participan más 70 ciudades alrededor del mundo, y algunas envían más de 500 muestras”, comenta la investigadora.

Acercando la ciencia a los jóvenes.

Los organizadores sacan cuentas alegres. Con respecto al año pasado, el número de inscritos para participar del proyecto aumentó. Además, varias personas que ya habían hecho el muestreo el año anterior, volvieron a participar.
“Esto es un claro indicador de que este tipo actividad, si bien es sencilla, permite acercar la ciencia a los jóvenes, y que logren entender la importancia”.

 

 

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