Máster en Bioinformática y Biología de Sistemas finaliza exitosa pasantía en el CBIB.

Guus Teunisse, licenciado en Ciencias Biomédicas, y Máster en Bioinformática y Biología de Sistemas de la Universidad de Amsterdam, en Países Bajos, realizó una exitosa estadía en el Center for Bioinformatics and Integrative Biology, CBIB.

Guus Teunisse

Guus Martijn Teunisse tiene 26 años, es oriundo de Amsterdam, en Países Bajos, y está licenciado en Biomedical Sciences de la Universidad de Amsterdam.

Además posee el grado de Máster en Bioinformatics y Systems Biology de la Universidad de Amsterdam y la Free University de Amsterdam.

Llegó en abril del 2017 a Chile para realizar una pasantía en el Center for Bioinformatics and Integrative Biology (CBIB) de la Universidad Andrés Bello con Eduardo Castro, académico e investigador del Centro, enfocado en Computer Genomics.

“Decidí venir al CBIB porque me interesan muchísimo las implicancias y análisis de los estudios de metagenómica (estudio del material genético obtenido directamente de muestras ambientales), y porque Eduardo Castro es experto en esta área”, cuenta Guus.

Durante su estadía, el joven investigador trabajó en el proyecto Virtigo, un software que toma secuencias contiguas (contigs) de experimentos enteros de virome (”colección” de viruses dentro y sobre el cuerpo humano) generados por el usuario, y los procesa con anotaciones taxonómicas y funcionales.

¿Qué significa eso?

Guus explica que “en estudios de viromes, queremos aprender dos cosas: Qué viruses están presentes en qué cantidades y qué funciones están cumpliendo.

Para visualizar este problema, imaginemos que tenemos un estante gigante lleno de libros de cocina en una biblioteca, y que todos están escritos en idiomas que no podemos leer. Cada libro del estante representa una especie viral y cada receta de cada libro representa una función (o un gen, más específicamente). De algunos de estos libros hay varias copias disponibles, mientras que otros tienen pocas copias o una sola disponible.

Lo que queremos saber es cuál es el título de cada libro (cuál es la taxonomía de cada virus) y qué recetas se encuentran en éstos (qué genes/funciones tienen). Este proceso se llama “anotación”.

Y continúa: “Dado que no podemos leer el idioma, no podemos anotar el libro sólo leyéndolo. En vez de eso, necesitamos comparar cada libro con una biblioteca de libros de referencia, los que hemos “traducido” antes para que tengan anotadas las taxonomías y funciones. Virtigo hace exactamente eso. Es decir, tomar las secuencias (libros) que el usuario quiere anotar, buscar en las bibliotecas de referencia y proporcionar a cada secuencia una anotación taxonómica y funcional”.

Experiencia en el CBIB y en Chile

Guus Teunisse destaca que “estar en la UNAB y el CBIB fue genial. La gente es increíble y hay una atmósfera muy amable. Y en paralelo se está produciendo un gran trabajo de investigación, lo que lo convierte en un entorno muy inspirador y recomendable para otros investigadores extranjeros”.

Con respecto a su trabajo en el laboratorio, resalta que trabajar con Eduardo Castro ha sido una gran experiencia, tanto por su calidad científica como humana.

“Al trabajar en mi proyecto con él pude aplicar una gran cantidad de conocimientos teóricos sobre bioinformática y metagenómica en la práctica”. Esto le permitió incluso incorporarse como bioinformático en UC Davis Chile, un Centro de Innovación internacional en Ciencias de la Vida con foco en los requerimientos del sector agroalimentario nacional.

Próximos pasos

Actualmente el investigador continúa colaborando con Eduardo Castro en el CBIB, y en paralelo trabaja como bioinformático en varios proyectos de UC Davis.
Con respecto al proyecto Virtigo, éste aún está en desarrollo.

“Invitamos a todos a probar Virtigo y a dejarnos comentarios para que que podamos mejorarlo cada vez más”, dice.

Virtigo está disponible en Github en el siguiente link https://github.com/gmteunisse/virtigo

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